MM. Philippe ADNOT et Maurice BLIN

SOMMAIRE

Pages

PRÉSENTATION DE LA MISSION 5

A. EN TERMES DE CRÉDITS ET DE FONDS DE CONCOURS 5

B. EN TERMES DE DÉPENSES FISCALES 6

C. EN TERMES DE PLAFOND D'EMPLOIS 6

D. EN TERMES DE PERFORMANCE 8

PRÉSENTATION DES PROGRAMMES 9

I. PROGRAMME 150  « FORMATIONS SUPÉRIEURES ET RECHERCHE UNIVERSITAIRE » 9

A. PRINCIPAUX CHIFFRES 9

B. JUSTIFICATION DES CRÉDITS 10

C. MESURE DE LA PERFORMANCE 11

D. PRINCIPALES OBERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 12

II. PROGRAMME 231  « VIE ETUDIANTE » 14

A. PRINCIPAUX CHIFFRES 14

B. JUSTIFICATION DES CREDITS 14

C. MESURE DE LA PERFORMANCE 15

D. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 16

III. PROGRAMME 194 « RECHERCHES SCIENTIFIQUES ET TECHNOLOGIQUES PLURIDISCIPLINAIRES » 17

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 17

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 18

C. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 19

IV. PROGRAMME 187 « RECHERCHE DANS LE DOMAINE DE LA GESTION DES MILIEUX ET DES RESSOURCES » 20

A. PRINCIPAUX CHIFFRES 20

B. JUSTIFICATION DES CRÉDITS 21

C. MESURE DE LA PERFORMANCE 22

V. PROGRAMME 193 « RECHERCHE SPATIALE » 23

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 23

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 23

C. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 24

VI. PROGRAMME 172 « ORIENTATION ET PILOTAGE DE LA RECHERCHE » 26

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 26

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 26

C. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 27

VII. PROGRAMME 189 « RECHERCHE DANS LE DOMAINE DES RISQUES ET DES POLLUTIONS » 28

A. LES PRINCIPAUX CHIFFRES 28

B. JUSTIFICATION DES CRÉDITS 29

C. MESURE DE LA PERFORMANCE 29

D. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 30

VIII. PROGRAMME 188 « RECHERCHE DANS LE DOMAINE DE L'ENERGIE » 31

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 31

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 32

C. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 32

IX. PROGRAMME 192 « RECHERCHE INDUSTRIELLE » 33

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 33

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 34

C. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 35

X. PROGRAMME 190 « RECHERCHE DANS LE DOMAINE DES TRANSPORTS, DE L'EQUIPEMENT ET DE L'HABITAT » 36

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 36

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 37

C. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 37

XI. PROGRAMME 191 « RECHERCHE DUALE » 38

A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME 38

B. MESURE DE LA PERFORMANCE 38

C. LES PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 39

XII. PROGRAMME 186 « RECHERCHE CULTURELLE ET CULTURE SCIENTIFIQUE » 40

A. PRINCIPAUX CHIFFRES 40

B. JUSTIFICATION DES CREDITS 40

C. MESURE DE LA PERFORMANCE 41

D. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 41

XIII. PROGRAMME 142 « ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET RECHERCHE AGRICOLES » 42

A. PRINCIPAUX CHIFFRES 42

B. JUSTIFICATION DES CREDITS 42

C. MESURE DE LA PERFORMANCE 43

D. PRINCIPALES OBSERVATIONS DE VOTRE RAPPORTEUR SPÉCIAL 43

ARTICLE 81 RATTACHÉ À LA MISSION 45

PRÉSENTATION DES AMENDEMENTS 48

PRÉSENTATION DE LA MISSION

La mission « Recherche et enseignement supérieur » (MIRES) présente un fort caractère interministériel puisque pas moins de sept ministères sont intéressés par au moins l'un des treize programmes de la mission ( cf . tableau p.3).

Le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche (MENESR) en est le chef de file.

La MIRES représente :

A. EN TERMES DE CRÉDITS ET DE FONDS DE CONCOURS

La mission est dotée, dans le projet de loi de finances pour 2006, de 20,56 milliards d'euros d'autorisations d'engagement et de 20,69 milliards d'euros de crédits de paiement . A ces chiffres, il convient d'ajouter 66,7 millions d'euros de fonds de concours, soit 0,32 % des crédits de la mission.

Les crédits de paiement de la MIRES, hors fonds de concours, sont en hausse, à structure courante, de 4,37 % par rapport à 2005, et de 2,2 % à périmètre constant.

Cette hausse, qui n'intègre pas les crédits d'investissements de l'Agence nationale de la recherche (ANR) ni de l'Agence de l'innovation industrielle (AII), illustre l'effort de l'Etat pour atteindre le niveau cible de 3 % du PIB de dépense nationale en faveur de la recherche et du développement en 2010.

Toutefois, plusieurs mesures affectent le périmètre de la mission et notamment :

- les nouvelles modalités de budgétisation des crédits de pensions civiles et de certaines cotisations sociales (dont la cotisation allocations familiales) ;

- la modification du régime fiscal relatif à la TVA 1 ( * ) pour les établissements publics scientifiques et technologiques (EPST) applicable depuis le 1 er janvier 2005, et assujettissement à la taxe sur les salaires de ces établissements à compter du 1 er janvier 2006 ;

- le transfert des crédits du Fonds national de la science et du Fonds de la recherche technologique (soit 183,6 millions d'euros de crédits de paiement en 2005) à l'ANR, financée sur le compte d'affectation spéciale « Participations financières de l'Etat 2 ( * ) » ;

- le transfert de 302 emplois ETPT du programme « Orientation et pilotage de la recherche » vers l'ANR (50 ETPT) et vers le programme « Soutien de la politique de l'éducation nationale » de la mission « Enseignement scolaire » (252 ETPT).

B. EN TERMES DE DÉPENSES FISCALES

Les dépenses fiscales dont l'objet principal contribue à la mission représentent 1,56 milliard d'euros, soit 7,5 % des crédits de paiement de la mission.

Les principales dépenses sont :

- le crédit d'impôt recherche , dont le coût pour 2006 est estimé à 760 millions d'euros . Il convient toutefois de souligner que cette estimation ne tient pas compte de la réforme proposée à l'article 15 du présent projet de loi de finances ;

- la taxation réduite des plus-values professionnelles à long terme de certains produits de la propriété industrielle , dont le coût pour 2006 est estimé à 480 millions d'euros ;

- la réduction d'impôt au titre des versements faits au profit d'établissements, d'organismes sans but lucratif de recherche et de PME innovantes, dont le coût pour 2006 est estimé à 120 millions d'euros ;

- la réduction d'impôt au titre de la souscription de parts de fonds communs de placement dans l'innovation (FCPI), dont le coût pour 2006 est estimé à 95 millions d'euros ;

- l'exonération des bénéfices réalisés par les entreprises participant à un projet de R&D et implantées dans une zone de R&D, dont le coût pour 2006 est estimé à 50 millions d'euros ;

C. EN TERMES DE PLAFOND D'EMPLOIS

Le présent projet de loi de finances octroie à la MIRES un plafond d'emplois de 149.353 équivalents temps plein travaillés (ETPT) pour 2006, soit 6,3 % de l'ensemble des plafonds d'emplois.

Ces emplois se répartissent sur cinq programmes seulement, le programme « Formations supérieures et recherche universitaire » en absorbant à lui seul 133.316, soit 89,3 %.

Afin d'avoir une vision plus précise des emplois rattachés à cette mission, il convient toutefois de tenir compte des emplois hors plafond rémunérés par les différents opérateurs, soit au total 114.394 ETPT.

Le tableau ci-après indique, pour chacun des programmes de la mission, le ministère intéressé, les crédits de paiement demandés pour 2006, le plafond d'emplois autorisés pour 2006 ainsi que le nombre d'emplois hors plafond rémunérés par les opérateurs.

Récapitulation des crédits et des emplois de la MIRES par programme

Ministre intéressé

Crédits de paiement demandés pour 2006

(en euros)

Plafond d'emplois autorisés pour 2006

(en ETPT)

Emplois hors plafond rémunérés par les opérateurs

(en ETPT)

Formations supérieures et recherche universitaire

MENESR

10.125.235.936

133.316

20.677

Vie étudiante

MENESR

1.738.392.465

868

12.470

Recherches scientifiques et technologiques pluridisciplinaires

MENESR

3.601.649.274

0

53.019

Recherches dans le domaine de la gestion des milieux et des ressources

MENESR

1.136.758.577

0

17.661

Recherche spatiale

MENESR

1.248.188.000

0

2.662

Orientation et pilotage de la recherche

MENESR

369.091.293

11.857

50

Recherche dans le domaine des risques et des pollutions

Ministre de l'écologie et du développement durable

280.235.369

0

1.624

Recherche dans le domaine de l'énergie

Ministre de l'économie, des finances et de l'industrie

658.163.530

0

1.860

Recherche industrielle

Ministre de l'économie, des finances et de l'industrie

527.569.096

0

502

Recherche dans le domaine des transports, de l'équipement et de l'habitat

Ministre des transports, de l'équipement, du tourisme et de la mer

393.043.230

0

1.948

Recherche duale (civile et militaire)

Ministre de la défense

200.000.000

0

0*

Recherche culturelle et culture scientifique

Ministre de la culture et de la communication

147.778.703

0

917**

Enseignement supérieur et recherche agricoles

Ministre de l'agriculture et de la pêche

262.281.229

0

1004

* Les opérateurs de la recherche duale ont été comptabilisés dans d'autres programmes de la mission.

** Ce chiffre ne comprend pas les effectifs du Palais de la découverte, chiffre non communiqué.

D. EN TERMES DE PERFORMANCE

La MIRES compte 69 objectifs, répartis sur 13 programmes et déclinés en 169 indicateurs. Parmi ces derniers, 106 (soit 62,7 %) sont renseignés, c'est-à-dire comprennent au moins une réalisation et une cible.

Vos rapporteurs spéciaux relèvent que plusieurs de ces indicateurs ont été modifiés (ou supprimés) afin de tenir compte des remarques exprimés notamment par votre commission 3 ( * ) et de mieux respecter les principes de la LOLF.

De plus, plusieurs indicateurs ont été harmonisés pour permettre une consolidation des données concernant les objectifs relatifs à la production des connaissances scientifiques ainsi qu'à la politique de valorisation.

* 1 Abandon de la collecte de la TVA sur les subventions de fonctionnement, compensation de la TVA non déductible désormais à payer.

* 2 Il s'agit de l'ancien compte d'affectation spéciale n° 902-24.

* 3 Rapport d'information de la commission des finances n° 220 (2004-2005).