TROISIÈME
PARTIE
LES NOUVEAUX OUTILS DE SURVEILLANCE ÉPIDÉMIOLOGIQUE ET
D'ANTICIPATION SANITAIRE
I. INTRODUCTION
Une mobilisation mondiale sans précédent de la science et des scientifiques a permis de répondre avec succès à la crise sanitaire. De nombreuses connaissances ont été rapidement acquises, à commencer, dès début janvier 2020, par la séquence complète du génome du SARS-CoV-2, puis sur les mécanismes et la physiopathologie de l'infection. Parallèlement, de nombreuses innovations sont venues en soutien des mesures de santé publique mises en place, notamment pour suivre et limiter la circulation du virus et, en conséquence, réduire le nombre de décès282(*). Le développement de vaccins efficaces en moins d'une année a indéniablement constitué la plus grande prouesse, ceux-ci ayant permis d'atténuer l'impact de la covid-19 et de mettre fin à l'urgence de santé publique de portée internationale. Mais on peut également citer le développement de tests antigéniques rapides, de bases de données interconnectées, d'applications de suivi des contacts, de systèmes de surveillance des eaux usées, etc. À titre de comparaison, le développement des trithérapies pour faire face au virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et celui des antiviraux à action directe pour le traitement de l'hépatite C avaient nécessité plus de 15 ans. Il est aujourd'hui nécessaire de tirer les enseignements de la crise alors que la phase aiguë de la pandémie est désormais révolue, et de capitaliser sur les succès scientifiques obtenus afin de repenser le suivi et la gestion des urgences sanitaires et de se préparer au mieux aux probables crises futures.
II. LE DISPOSITIF DE SURVEILLANCE ÉPIDÉMIOLOGIQUE ET SON ÉVOLUTION FACE À LA COVID-19
A. UN MODÈLE MULTI-SOURCES
La surveillance épidémiologique vise à suivre l'émergence et l'évolution spatio-temporelle des épidémies et autres problèmes de santé. Elle permet d'acquérir des connaissances sur les caractéristiques des maladies, telles que leur transmissibilité ou les facteurs de risque, tout en suivant leur impact sur la santé de la population. L'ensemble des données acquises permet d'orienter la mise en oeuvre de mesures d'alerte, de prévention et de contrôle appropriées, et d'évaluer leur efficacité une fois celles-ci déployées.
En France, cette surveillance est coordonnée par Santé publique France qui compile des données de différentes natures (résultats de dépistage, taux de consultation en médecine de ville, nombre de patients en hospitalisation et en réanimation, nombre de décès, etc.) issues de différents outils (registres, bases médico-administratives, enquêtes spécifiques, etc.) et provenant de différentes sources (laboratoires, médecine de ville, médecine hospitalière, etc.). L'interprétation de l'ensemble de ces indicateurs permet de mesurer la prévalence des maladies suivies, de suivre leur évolution et d'évaluer leur impact sur le système de santé, fournissant ainsi une image globale de la situation sanitaire et permettant d'anticiper les risques à venir.
Dans le cadre de la covid-19, la surveillance épidémiologique s'est avérée cruciale pour suivre et contenir la propagation du virus ainsi que les charges de morbidité et de mortalité associées. Plusieurs nouveaux outils ont été déployés afin de renforcer le dispositif existant. Des systèmes d'information ont été mis en place pour suivre la propagation du virus, grâce aux données de dépistage (SI-DEP) et aux cas d'infections respiratoires aiguës dans les établissements et services médico-sociaux (SI-ESMS), pour suivre la gravité de l'épidémie et son impact sur le système de soins, au travers du nombre de cas en hospitalisation et en réanimation (SI-VIC), et pour suivre la couverture vaccinale (SI-VAC). La structuration du consortium Emergen (surveillance et recherche sur les infections à pathogènes émergents via la génomique microbienne) a permis d'augmenter considérablement les capacités de séquençage françaises et d'assurer un suivi génomique de l'évolution du virus. L'analyse des eaux usées, réalisée à travers le consortium Obépine puis le réseau SUM'Eau, a offert un moyen de suivi complémentaire de la circulation du virus, indépendant de la stratégie de dépistage.
Dispositif de surveillance intégrée des infections aiguës respiratoires avant et pendant la covid-19
Note : en rouge, les
dispositifs nouvellement déployés
Source : Santé publique France
Bien qu'il ne s'agisse plus d'une urgence sanitaire de portée internationale, la covid-19 continue de circuler et d'entraîner des décès283(*). Il convient donc de pérenniser les outils développés, afin de suivre le nombre d'infections et l'évolution du virus, tout en les adaptant au niveau de circulation actuel du SARS-CoV-2 et à la menace plus limitée qu'il représente désormais. Dans cette perspective, Santé publique France a récemment fait évoluer son mode de restitution de la surveillance des principales infections respiratoires aiguës (grippe, covid-19 et bronchiolite)284(*). Les indicateurs produits pour ces infections qui étaient jusqu'alors dispersés dans des bulletins distincts - ce qui se justifiait lors de la phase aiguë de la crise de la covid-19 qui nécessitait un suivi dédié - sont dorénavant combinés dans un bulletin hebdomadaire commun, permettant d'offrir une vision plus globale et de mieux apprécier l'impact cumulé de ces maladies sur le système de soins, paramètre essentiel pour guider les décisions de santé publique.
*
282 En France, l'excès de
décès dus à la covid-19 au cours des années 2020 et
2021 a été estimé à 155 000, soit un taux
de 124,2 décès en excès pour
100 000 personnes (contre 120,5 en Allemagne, 126,8
au Royaume-Uni et 179,3 aux États-Unis). Voir : COVID-19
Excess Mortality Collaborators, Lancet 2022, 399, 1513 (
https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02796-3).
On
peut également souligner une perte d'espérance de vie entre 2019
et 2021 relativement limitée en France (1,2 mois) en comparaison
d'autres pays (5,7 mois pour l'Allemagne, 9,3 mois pour l'Angleterre
et le Pays de Galle et de 28,2 mois pour les États-Unis).
Voir : J. Schöley et al., Nat. Hum. Behav.
2022, 6, 1649 (
https://doi.org/10.1038/s41562-022-01450-3).
* 283 OMS, WHO Coronavirus (COVID-19) Dashboard ( https://covid19.who.int/).
* 284 Santé publique France, Surveillance intégrée des infections respiratoires aiguës, 2023 ( https://www.santepubliquefrance.fr/presse/2023/surveillance-integree-des-infections-respiratoires-aigues).