2. L'intervention de l'OTAN et la mise en place de la MINUK
L'Organisation du Traité de l'Atlantique Nord (OTAN) intervient par des bombardements aériens en mars 1999 et 800 000 kosovars se réfugient en Macédoine et en Albanie. Slobodan Milosevic retire ses troupes en juin 1999.
Après l'adoption le 10 juin 1999 par le Conseil de sécurité des Nations Unies de la résolution 1244, l'OTAN déploie au Kosovo une force de 45 000 hommes, qui est notamment chargée de la préservation du cessez-le-feu, de la démilitarisation de l'UCK et des autres groupes armés, de la sécurisation du retour des réfugiés et de la protection des minorités.
En application de la résolution 1244, le Kosovo est placé sous administration de l'ONU, représentée par la Mission Intérimaire des Nations Unies (MINUK). Bernard Kouchner a été de 1999 à 2001 le premier Représentant spécial du Secrétaire général des Nations Unies au Kosovo.
Les principales responsabilités de la présence civile internationale sont de faciliter l'instauration au Kosovo d'une autonomie et d'une auto-administration substantielles, d'exercer les fonctions d'administration civile de base en tant que de besoin, de faciliter un processus politique visant à déterminer le statut futur du Kosovo, de soutenir la reconstruction des infrastructures essentielles, l'acheminement de l'aide humanitaire et des secours aux sinistrés et de maintenir l'ordre public, notamment en mettant en place des forces de police locales.
En novembre 2005, l'ancien Président finlandais Marti Ahtisaari, Prix Nobel de la paix, est chargé par le Secrétaire général des Nations Unies, de superviser les pourparlers sur le statut final du Kosovo.
Ce plan, présenté le 26 mars 2007 au Conseil de sécurité, et comportant quatorze points, préconise l'accession à l'indépendance sous supervision internationale, accompagnée d'un statut protecteur pour les minorités.
Selon le « Plan Ahtisaari », la représentation des minorités est renforcée au sein des institutions. Ce plan prévoit aussi une décentralisation et la création de municipalités à majorité non albanaise, qui disposeraient d'une autonomie en matière financière et qui pourraient également recevoir, en toute transparence, des financements en provenance de Belgrade.
Il prévoit que l'albanais et le serbe seront les deux langues officielles du Kosovo et que les autres langues, comme le turc, le bosnien et le rom, auront le statut de langue d'usage, avec une présence dans les médias, notamment les chaînes de télévision.
Le « Plan Ahtisaari » comporte également des mesures de protection du patrimoine religieux de l'Eglise orthodoxe de Serbie, dont le Kosovo devra reconnaître l'existence et les propriétés. Il prévoit ainsi la délimitation de zones protégées autour de plus de quarante sites religieux et culturels importants. Les activités qui s'y déroulent doivent être soumises à des restrictions particulières destinées à garantir l'existence et le fonctionnement dans la tranquillité des grands sites religieux et culturels.
Le patrimoine culturel et religieux orthodoxe au Kosovo est, en effet, d'une richesse exceptionnelle, et comporte de très belles églises et de splendides monastères, à l'image du Patriarcat de Pec, du monastère de Decani ou encore des églises des Saints Archanges et de Saint-Georges de Prizren.
Le « Plan Athisaari » est toutefois rejeté par la Serbie. « Le plan Ahtisaari ouvre la possibilité d'un Kosovo indépendant (...) la Serbie et moi-même, en ma qualité de président, n'accepteront jamais l'indépendance du Kosovo (...) Les propositions ne mentionnent explicitement ni l'indépendance du Kosovo, ni la souveraineté de la Serbie sur notre province. Une indépendance du Kosovo imposée serait contraire aux principes du droit international et représenterait un précédent politique et juridique dangereux » déclare le Président serbe Boris Tadic.
Après l'échec d'une nouvelle médiation entre Belgrade et Pristina, menée par Wolfgang Ischinger, la proclamation unilatérale de l'indépendance par Pristina semble irréversible. La Russie et la Chine s'opposent, en effet, à l'adoption d'une nouvelle résolution au Conseil de sécurité des Nations Unies.
Malgré quatre tentatives, aucune résolution du Conseil de sécurité n'est venue se substituer à la résolution 1244, qui est, par conséquent, toujours en vigueur, et qui est « neutre à l'égard du statut » .
Le 17 février 2008, le Kosovo déclare son indépendance.