J. ASPECTS DE GOUVERNANCE
Le conseil d'administration de l'agence compte, outre sa présidente, 32 membres élus, dont neuf représentants de l'État et un représentant des régimes obligatoires de base d'assurance maladie.
Santé publique France assure que « l'agence entretient d'excellentes relations avec les ministères (Direction générale de la Santé, Direction de la sécurité sociale, Direction du Budget notamment).
Les relations avec les organismes nationaux de sécurité sociale concernent surtout la Cnam pour la gestion du FLCA et l'Acoss pour la gestion de la trésorerie des crédits d'assurance maladie. Il s'agit de relations opérationnelles ».