Lors de la tenue du procès Déroulède, en 1899, la grande galerie servant d'annexe à la bibliothèque se voit transformée en prison. Pour permettre d'y aménager des cellules on procède à l'évacuation des ouvrages : « deux à trois jours suffirent pour déménager les quelque 50.000 volumes et... une quinzaine de jours pour les réintégrer » note un bibliothécaire à cette occasion.
Une longue baraque (JPG - 19.35 Ko), construite au centre, abrite les neuf cellules destinées aux accusés. Ces « cabines de bain de mer », « modern style » ainsi que les décrit ironiquement la presse de l'époque, mesurent chacune 5,50 m de long sur 3 m de large et 3,20 m de haut. En partie vitrées pour recevoir la lumière du jour et munies de persiennes pour la ventilation, elles offrent en outre à leurs occupants le privilège d'être équipées d'une poire électrique à réflecteur.
Les cloisons rembourrées sont tendues de satinette vert olive, le plancher est recouvert d'un tapis de linoléum et le plafond est en toile blanche.
L'ameublement rudimentaire offre néanmoins toutes les commodités : un lit en fer blanc laqué, une table à tiroirs, une chaise, un meuble de toilette recouvert d'une tablette de marbre et un fauteuil rembourré de crin sont mis à la disposition de chaque prisonnier.
La terrasse qui mène au dôme de l'Horloge, le long de l'avenue de Vaugirard, est recouverte d'une toile goudronnée et affectée à la promenade des détenus. Les gardiens sont logés dans les bureaux situés au bout de l'annexe, côté nord. De l'autre côté, les pièces qui jouxtent la galerie sont réservés au greffe et à la commission d'instruction tandis que le procureur général s'installe dans le bureau de la commission des finances.