II. PRÉSENTATION DE LA MISSION
La mission « Recherche et enseignement supérieur » (MIRES) présente un fort caractère interministériel puisque pas moins de sept ministères sont intéressés par au moins l'un des treize programmes de la mission.
Le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche (MENESR) en est le chef de file.
La MIRES représente :
A. EN TERMES DE CRÉDITS ET DE FONDS DE CONCOURS
La mission est dotée, dans le projet de loi de finances pour 2006, de 20,56 milliards d'euros d'autorisations d'engagement et de 20,69 milliards d'euros de crédits de paiement . A ces chiffres, il convient d'ajouter 66,7 millions d'euros de fonds de concours, soit 0,32 % des crédits de la mission.
Les crédits de paiement de la MIRES, hors fonds de concours, sont en hausse, à structure courante, de 4,37 % par rapport à 2005, et de 2,2 % à périmètre constant.
Cette hausse, qui n'intègre pas les crédits d'investissements de l'Agence nationale de la recherche (ANR) ni de l'Agence de l'innovation industrielle (AII), illustre l'effort de l'Etat pour atteindre le niveau cible de 3 % du PIB de dépense nationale en faveur de la recherche et du développement en 2010.
Toutefois, plusieurs mesures affectent le périmètre de la mission et notamment :
- les nouvelles modalités de budgétisation des crédits de pensions civiles et de certaines cotisations sociales (dont la cotisation allocations familiales) ;
- la modification du régime fiscal relatif à la TVA 2 ( * ) pour les établissements publics scientifiques et technologiques (EPST) applicable depuis le 1 er janvier 2005, et assujettissement à la taxe sur les salaires de ces établissements à compter du 1 er janvier 2006 ;
- le transfert des crédits du Fonds national de la science et du Fonds de la recherche technologique (soit 183,6 millions d'euros de crédits de paiement en 2005) à l'ANR, financée sur le compte d'affectation spéciale « Participations financières de l'Etat » 3 ( * ) ;
- le transfert de 302 emplois ETPT du programme « Orientation et pilotage de la recherche » vers l'ANR (50 ETPT) et vers le programme « Soutien de la politique de l'éducation nationale » de la mission « Enseignement scolaire » (252 ETPT).
B. EN TERMES DE DÉPENSES FISCALES
Les dépenses fiscales dont l'objet principal contribue à la mission représentent 1,56 milliard d'euros, soit 7,5 % des crédits de paiement de la mission.
Les principales dépenses sont :
- le crédit d'impôt recherche , dont le coût pour 2006 est estimé à 760 millions d'euros . Il convient toutefois de souligner que cette estimation ne tient pas compte de la réforme proposée à l'article 15 du présent projet de loi de finances ;
- la taxation réduite des plus-values professionnelles à long terme de certains produits de la propriété industrielle , dont le coût pour 2006 est estimé à 480 millions d'euros ;
- la réduction d'impôt au titre des versements faits au profit d'établissements, d'organismes sans but lucratif de recherche et de PME innovantes, dont le coût pour 2006 est estimé à 120 millions d'euros ;
- la réduction d'impôt au titre de la souscription de parts de fonds communs de placement dans l'innovation (FCPI), dont le coût pour 2006 est estimé à 95 millions d'euros ;
- l'exonération des bénéfices réalisés par les entreprises participant à un projet de R&D et implantées dans une zone de R&D, dont le coût pour 2006 est estimé à 50 millions d'euros ;
* 2 Abandon de la collecte de la TVA sur les subventions de fonctionnement, compensation de la TVA non déductible désormais à payer.
* 3 Il s'agit de « l'ancien » compte d'affectation spéciale n° 902-24.