Question de M. MAUREY Hervé (Eure - UC) publiée le 17/04/2025
M. Hervé Maurey attire l'attention de M. le ministre de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique sur l'inadéquation du crédit impôt recherche, du crédit d'impôt innovation et du statut de jeune entreprise innovante avec les particularités des entreprises agricoles.
Dans son rapport intitulé « l'Innovation en matière agricole » publié en février 2025, la Cour des comptes a indiqué que « les dispositifs d'incitation fiscale comme le crédit impôt recherche, le crédit d'impôt innovation ou le statut de jeune entreprise innovante, qui constituent le socle des aides publiques à l'innovation française, sont certes ouverts aux agriculteurs, mais ils leur sont difficiles d'accès, du fait de la taille des entreprises agricoles et des critères d'éligibilité peu adaptés ».
La Cour des comptes souligne également que « la faible articulation entre les dispositifs n'encouragent pas la multi-innovation » et que « la complexité des critères d'éligibilité, le non-cumul des aides et les plafonnements ne sont pas favorables aux démarches globales [d'innovation en matière agricole] ».
Le magistrat financier constate ainsi que « la politique publique de soutien à l'innovation dans le domaine agricole ne parvient pas à accélérer le déploiement des innovations nécessaires à la transition agroécologique, faute de stratégie pour lever les freins systémiques » et estime que « seules des mesures de type « système » peuvent pourtant soutenir durablement la réorganisation du fonctionnement des exploitations et la refonte du projet d'entreprise ».
À la lumière de ce rapport et de cette recommandation, il souhaite connaître les mesures que compte prendre le Gouvernement afin d'adapter les dispositifs publics de soutien à l'innovation (crédit impôt recherche, crédit d'impôt innovation, statut de jeune entreprise innovante) aux spécificités des entreprises agricoles.
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Transmise au Ministère de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle, énergétique et numérique
Réponse du Ministère de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle, énergétique et numérique publiée le 05/02/2026
En application de l'article 244 quater B du code général des impôts (CGI), les entreprises industrielles et commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel ou exonérées en application de certaines dispositions peuvent bénéficier d'un crédit d'impôt au titre de certaines dépenses de recherche (CIR) qu'elles exposent au cours de l'année. En application du k du II de ce même article, les petites et moyennes entreprises (PME) industrielles et commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel ou exonérées en application de certaines dispositions peuvent bénéficier d'un crédit d'impôt au titre de certaines dépenses d'innovation qu'elles exposent jusqu'au 31 décembre 2027 pour la réalisation d'opérations de conception de prototypes ou d'installations pilotes de nouveaux produits (crédit d'impôt innovation ou CII). Ces deux dispositifs constituent des outils essentiels de soutien public à la recherche et développement (R&D) ainsi qu'à l'innovation des entreprises en France, que les entreprises agricoles peuvent solliciter sans restriction spécifique de taille ou de secteur. Afin de faciliter leur accès au CIR et au CII et de sécuriser leurs projets, les entreprises agricoles peuvent également solliciter l'avis préalable de l'administration pour s'assurer de l'éligibilité de leurs dépenses au CIR et au CII (livre des procédures fiscales [LPF], art. L. 80 B, 3° et 3° bis). Pour les PME, ce dispositif de garantie est même étendu à la validation du montant des dépenses éligibles au CIR dans les conditions précisées par la doctrine fiscale. Le CIR est un instrument général de soutien à la R&D privée, paramétré de manière à assurer la neutralité des décisions des entreprises en la matière. Toute modification du CIR visant à introduire de la sélectivité risquerait d'entraîner sa requalification en aide d'État, la limitation de certains de ses paramètres, notamment la baisse du taux normal du crédit d'impôt, et donc une diminution de la R&D privée. Par ailleurs, l'adaptation du CIR et du CII n'aurait que peu d'impact pour réduire les freins plus systémiques à la R&D et à l'innovation des entreprises agricoles, que la Cour des comptes identifie dans le rapport que vous mentionnez, puisque ces entreprises dépendent grandement des stratégies économiques propres aux filières et à leurs partenaires de l'amont et de l'aval de ces filières. Enfin, suivant les recommandations formulées dans la revue de dépenses réalisée par l'inspection générale des finances (IGF) en mars 2024, le Gouvernement a soutenu les initiatives parlementaires, en loi de finances pour 2025, visant à rationaliser le CIR, notamment en le recentrant sur les dépenses de R&D stricto sensu. Il a également soutenu la prorogation du CII pour trois ans, soit jusqu'au 31 décembre 2027, assortie d'une réduction de son taux normal de 30 % à 20 %. S'agissant du statut de la jeune entreprise innovante (JEI) défini à l'article 44 sexies-0 A du CGI, celui-ci a pour objectif d'apporter un soutien spécifique, dans leur phase de démarrage, aux jeunes entreprises spécialisées dans l'innovation qui conduisent des projets de R&D, en réduisant leurs contraintes de financement et leurs difficultés à recruter. Une entreprise agricole peut en bénéficier si elle est une PME indépendante, créée depuis moins de huit ans et qui a réalisé des dépenses de recherche éligibles au CIR représentant au moins 20 % de ses charges. Le champ a été élargi par la loi de finances pour 2024, pour tenir compte des recommandations du rapport du député Paul Midy relatif au financement des start-ups et des PME innovantes de juin 2023, aux « jeunes entreprises de croissance » qui réalisent entre 5 et 20 % de dépenses de recherche et satisfont à des indicateurs de performance économique, ce qui est susceptible de faciliter l'obtention du statut pour de petites entreprises agricoles. Par ailleurs, si la loi de finances pour 2024 a éteint l'exonération d'impôt sur les bénéfices des JEI afin de recentrer le dispositif sur les exonérations sociales, la réduction d'impôt dite « IR-PME » pour les particuliers qui souscrivent au capital de ces entreprises a été intensifiée. En outre, les entreprises agricoles peuvent également solliciter l'avis préalable de l'administration pour s'assurer de leur éligibilité au statut de JEI (LPF, art. L. 80 B, 4°). Par conséquent, le Gouvernement n'entend pas proposer de nouvelle mesure paramétrique, qui pourrait nuire à la stabilité globale de l'écosystème des aides fiscales et à ses effets largement positifs sur la R&D et l'innovation.
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