Engagée dans la Résistance sous le pseudonyme de « Corinne », Claire Saunier assure la distribution de journaux clandestins pendant la durée de la guerre.
Agent de liaison du journal « Franc-Tireur », elle devient aussi secrétaire générale adjointe du Mouvement de Libération nationale (MLN) et secrétaire générale de la branche féminine de ce mouvement, dirigée par Lucie Aubrac. A ce titre, elle participe à la lutte contre la déportation des prisonniers politiques.
A la Libération, elle est décorée de la médaille de la Résistance.
En 1946, après une brève mission au ministère du ravitaillement, Claire Saunier est désignée par l'Assemblée nationale au titre du groupe de l'Union démocratique et socialiste de la Résistance, pour siéger au Conseil de la République. Elle compte ainsi parmi les 21 premières femmes entrant à la Haute Assemblée. Ses pairs la choisissent pour être secrétaire du Conseil.
De 1946 à 1948, Claire Saunier intervient à de très nombreuses reprises à la tribune, notamment dans le domaine de l'éducation, l'amélioration de la situation des victimes de guerre et, ponctuellement, sur la réforme du statut des entreprises, les loyers, l'aménagement de certains impôts directs ou le redressement économique et financier.