Sénateur du Calvados depuis 1928, Jean Boivin-Champeaux est le rapporteur du projet de loi constitutionnelle visant à accorder les pleins pouvoirs au Maréchal Pétain. Le 10 juillet 1940, il propose à l'Assemblée nationale réunie à Vichy d'adopter cette réforme : « après l'effroyable drame où notre pays a été jeté, il faut lui donner une raison de vivre et une espérance. Ce n'est pas sans tristesse que nous dirons adieu à la Constitution de 1875. »
Malgré cela, il entre dans le groupe des "sénateurs résistants" réunis par Jacques Bardoux et prend une part active à l'oeuvre de la Résistance, tant à Paris que dans le département du Calvados, en fournissant des informations militaires aux organisations françaises et alliées.
Dans sa décision du 29 septembre 1945, le Jury d'honneur le relève de l'inéligibilité qui le frappait en raison de son vote du 10 juillet 1940 : « s'il a été le rapporteur de la résolution par laquelle l'Assemblée nationale s'est dessaisie de ses attributions, il a très vite marqué son opposition politique ouverte aux hommes de Vichy en s'efforçant de faire tenir les engagements pris par eux envers les assemblées parlementaires. »
Il devient conseiller de la République, puis sénateur du Calvados de 1946 à 1954, dans les rangs des républicains indépendants.