Après le coup d’État de Brumaire, le Palais du Luxembourg est affecté au Sénat conservateur qui s’y installe dans dès la fin de 1799. On confie à l’architecte Chalgrin la rénovation et le réaménagement du Palais. Chalgrin remanie profondément la Galerie Ouest où étaient installés les Rubens afin d’y construire l’Escalier d’Honneur.
Le rétablissement du musée
L’un des nouveaux sénateurs, un peintre en vogue à l’époque, Joseph-Marie Vien, membre de l’Institut, élève de Natoire et maître de David, propose de rétablir un musée au Luxembourg. Cette idée est soumise aux autorités du Sénat et au ministre de l’Intérieur, Chaptal, qui l’acceptent et décident de réinstaller un musée dans la galerie orientale du Palais du Luxembourg.
On désigne le 18 janvier 1802 un conservateur, Jean Naigeon. La même année, le Sénat acquiert, pour 4500 francs, douze toiles de Jordaens, représentant les signes du Zodiaque. On les maroufle au plafond de la Galerie Est, en y ajoutant au centre une peinture commandée à Antoine-François Callet : "l’Aurore". Le nouveau musée est inauguré le 26 juin 1803.
Les œuvres présentées
Aux cimaises, on trouve les Rubens, de retour du Louvre, trois nouvelles séries de peintures : une Vie de Saint Bruno par Lesueur, les Ports de France par Joseph Vernet et son élève Hue et quelques autres œuvres venues du Louvre. Au fil des ans, le musée s’enrichit d’œuvres de grande valeur : Le Triomphe de la Religion de Rubens (acheté 36.000 francs), quatre Saints de Lesueur (payés 4.000 francs) et un portrait de Marie de Médicis par Pourbus (acquis pour 600 francs). Comme pour le premier musée du Luxembourg, un catalogue des œuvres présentées est réalisé. Il fera l’objet, à son tour, de plusieurs rééditions.
L’ouverture du musée
Le règlement précise : " La galerie est ouverte le dimanche et le lundi de chaque semaine, depuis 9 heures le matin jusqu’à 16 heures le soir, à moins qu’il n’y ait séance au Sénat, auquel cas la galerie est publique le lendemain ". Elle est fermée le samedi et, les autres jours, elle est " réservée aux membres des premières autorités et aux voyageurs munis de passeport ". Le public accède au musée par la gauche de la grande entrée du Palais, rue de Tournon. Les visiteurs passent devant une statue de Domitien et montent à la galerie. Traversant d’est en ouest la terrasse qui donne sur la rue, le public visite également plusieurs salles de l’aile occidentale où sont exposés les " Ports de France " de Vernet et Hue.
La fermeture du musée
En 1815, les puissances alliées réclament le retour des chefs-d’œuvre de leur patrimoine, butin de guerre que les armées napoléoniennes avaient transporté à Paris. Le Louvre se vide et pour regarnir ses salles, il rapatrie les tableaux du Luxembourg. De ce fait, à l’exception des Jordaens de la voûte et de 17 tableaux, le musée du Luxembourg se trouve démuni de ses trésors artistiques.