Pasteur, Emmanuel La Gravière est mobilisé et participe en tant qu'aumônier aux combats livrés dans la région des Vosges du 17 au 22 juin 1940. Son courage et son esprit de sacrifice remarquables lui valent l'attribution de la croix de guerre avec étoile de bronze. Fait prisonnier, il parvient à s'évader.
Après la défaite , il revient exercer son ministère à Paris, d'abord dans le XVIIIème arrondissement, puis, à partir de septembre 1941, dans le XIIIème arrondissement. A plusieurs reprises, il tient des discours exaltant l'esprit de résistance et l'amour de la liberté, suscitant courage, fidélité et confiance parmi son auditoire, combattant l'idéologie totalitaire et les méthodes nazies, et condamnant les persécutions raciales et le travail obligatoire en Allemagne et en France
Emmanuel La Gravière met en conformité ses actes et ses paroles. Il assure la distribution et la circulation de tracts et journaux clandestins et stocke pour des organisations résistantes des vivres dans l'Eglise réformée du XIIIème arrondissement. Il effectue également des liaisons, apportant une aide efficace à des évadés, réfractaires ou familles juives, dotant plusieurs d'entre elles de faux papiers tout en déjouant deux enquêtes dirigées contre lui, l'une par la Gestapo, l'autre par la police française.
Pendant deux ans et demi, comme aumônier de l'hôpital du Val-de-Grâce, Emmanuel La Gravière soutient moralement et spirituellement les prisonniers français et britanniques qui y sont soignés. Il met sur pied des réunions clandestines, parfois à son propre domicile, destinées à jeter les bases du Mouvement Républicain pour la Libération, qui deviendra le MRP.
Dans les combats du mois d'août 1944, il exerce son ministère sous le couvert de la direction centrale des groupes de secouristes de la Croix-Rouge française, dans les postes de secours du XIIIème et du Vème arrondissements, au Val-de-Grâce et à l'hôpital Cochin. C'est à ce titre qu'il est décoré de la Légion d'honneur, de la croix du combattant et de la médaille de la Résistance française.
Élu conseiller de la République par l'Assemblée nationale en décembre 1946, il y siège dans les rangs du MRP jusqu'en 1948.