Entré dans la carrière préfectorale en 1913, Emile Bollaert est mobilisé, dès l'année suivante, pour participer à la première guerre mondiale. Il combat notamment au Chemin des Dames, où sa brillante conduite lui vaut d'être décoré de la croix de guerre 1914-1918.
Démobilisé en 1919, il poursuit sa carrière professionnelle dans l'administration préfectorale interrompue, à deux reprises, par sa nomination comme chef de cabinet d'Edouard Herriot à la présidence du Conseil.
Nommé préfet du Rhône en 1934, il s'oppose dès juillet 1940 au commandement militaire allemand de Lyon, ce qui lui vaut d'être révoqué de ses fonctions par le gouvernement de Vichy.
Participant à l'organisation de la Résistance, il entre en rapport avec le général de Gaulle en 1942 et succède à Jean Moulin comme délégué en France du Comité français de la Libération nationale.
En 1944, alors qu'il tente de gagner Alger par l'Angleterre, il est arrêté par les Allemands et emprisonné à Rennes. Déporté à Buchenwald, Dora puis Bergen-Belsen, il est délivré par les forces britanniques en novembre 1945. Il est alors nommé Compagnon de la Libération et reçoit la médaille de la Résistance.
Jusqu'en 1946, Emile Bollaert reprend ses fonctions préfectorales en qualité de commissaire de la République pour l'Alsace. Il est ensuite élu au Conseil de la République par l'Assemblée nationale, représentant le Rassemblement des gauches républicaines. Il doit rapidement abandonner son poste, en 1947, au moment où il est nommé haut-commissaire en Indochine.