3. Les limites de la nomenclature budgétaire du FNSE
Cette nomenclature budgétaire ne permet pas de bien connaître la destination des crédits. C'est pourquoi, la direction de l'eau a défini une seconde nomenclature, une nomenclature par « domaines d'action », qui vise à améliorer cette connaissance.
Cette nomenclature budgétaire ne permet pas non plus de distinguer parmi les crédits ouverts ceux destinés à être délégués aux ordonnateurs secondaires.
Dans les faits cependant, pour certains articles les crédits sont essentiellement gérés au niveau central, alors que, pour d'autres articles, une partie importante des crédits est déconcentrée. Ainsi tous les crédits d'investissement (chapitres 06 et 07) sont en grande partie déconcentrés. Pour le fonctionnement, les crédits de l'article 10 « Fonctionnement des instances contribuant à la mise en oeuvre de la politique de l'eau » du chapitre 08 sont également majoritairement déconcentrés. Ceux de l'article 30 « Formation, actions de coopération internationale » du chapitre 08 et des articles 10 « Subventions de fonctionnement à divers établissements publics » et 30 « Subventions de fonctionnement au CNASEA » du chapitre 09 relèvent en revanche en grande partie d'une gestion non déconcentrée.