En mars 1906, il est nommé ministre de l’Intérieur. Il est ensuite président du Conseil et ministre de l’intérieur du 25 octobre 1906 au 20 juillet 1909. Pendant ces années de pouvoir, il réprime sévèrement les mouvements sociaux, brise plusieurs grèves, ce qui provoque la rupture avec les socialistes. Parallèlement, il entreprend des réformes sociales, comme l’instauration d’un congé hebdomadaire et la création du ministère du travail qu’il confie à René Viviani. On le surnomme " le Tigre ". Sa tentative d’instituer l’impôt sur le revenu rencontre l’hostilité de la droite et il est renversé en 1909.
Au début de la guerre, ennemi de Poincaré, président de la République, il entre dans l’opposition. Toutefois, devant la situation militaire alarmante, celui-ci appelle Clemenceau comme président du Conseil le 16 novembre 1917. Clemenceau cumulera cette fonction avec celle de ministre de la guerre jusqu’au 20 janvier 1920. Il exerce alors des pouvoirs très étendus que Poincaré ne critiquera que par le biais de reproches écrits. Son programme tient en trois mots " Faire la guerre ". Il soutient l’action de Foch (il le soutient même après l’attaque allemande du Chemin des Dames en juin 1918), va dans les tranchées encourager les combattants, fait tout ce qu’il peut pour contribuer à la victoire et jouit d’une immense popularité.
Adversaire résolu des pacifistes (il fait arrêter Caillaux et Malvy) et de tous ceux qui prônent une paix de compromis, Clemenceau n’en impose pas moins l’armistice le 11 novembre 1918 avant d’avoir rejeté hors de France l’armée allemande, afin d’épargner des vies humaines. Il s’oppose alors vivement à Poincaré qui lui reproche de vouloir " couper les jarrets à nos troupes ".
Quartier général de Foch, 28 mai 1918