Depuis 1891, Victor Schoelcher connaît des problèmes de santé qui l'éloignent de la vie politique.
Le 25 décembre 1893, il meurt dans sa maison de Houilles.
Quelques voix s'élèvent alors pour demander des funérailles nationales et parmi elles, celle de Clemenceau : « on avait espéré que l'initiative viendrait des ministres. Rien. On se résout alors à poser directement la question. Ce fut un chef de cabinet qui répondit et voici sa réponse : la loi permet au Gouvernement, en l'absence des Chambres, de disposer des crédits nécessaires, après avis favorable du Conseil d'État.
Mais le Gouvernement n'estime pas qu'il y ait lieu de faire des funérailles nationales à Victor Schoelcher. M. Tirard, lui-même, n'a pas eu de funérailles nationales, et il a fait l'exposition. »
Le 5 janvier 1894, après une brève cérémonie civile, Schoelcher est inhumé au côté de son père au cimetière du Père-Lachaise.
Le 9 janvier, le Sénat lui rend hommage : Christian Henri Kiener, sénateur des Vosges et président d'âge, prononce son éloge funèbre et souligne sa loyauté et la probité de son esprit.