Né près de Nantes en 1754 dans une famille de marins, sa faible constitution ne lui permet pas de suivre la tradition familiale. Attiré par les études et plus particulièrement par les sciences exactes, il est pensionnaire chez les Oratoriens et devient en 1782 préfet des études, chargé des cours de mathématiques et de physique dans différents collèges, notamment celui d'Arras où il se lie d'amitié avec Robespierre, avant de revenir à Nantes en 1790.
Élu le 7 septembre 1792 membre de la Convention, il est assez proche des Girondins, mais lors du procès de Louis XVI le 16 janvier 1793, il se prononce pour la mort du roi et, à partir de ce moment-là, siège avec la Montagne.
En mission dans l'Aube, puis dans la Nièvre, il est envoyé avec Collot d'Herbois à Lyon où ils sont à l'origine de la sanglante répression qui s'abattit sur la ville.
Robespierre obtient son rappel à Paris et sa radiation du club des Jacobins.
Décrété d'arrestation le 22 thermidor an III et amnistié le 4 brumaire an IV, Fouché se retire quelques temps de la vie politique.
Le 15 vendémiaire an VII il est nommé ambassadeur à Milan, puis en Hollande et en récompense du succès de sa mission diplomatique, il devient, le 2 thermidor an VII, ministre de la police générale.
Après le coup d'État du 18 brumaire auquel il s'est rallié, il garde son poste. Son efficacité et ses méthodes font de lui un homme redoutable et redouté.
Prenant prétexte de la paix d'Amiens, Bonaparte supprime son ministère le 28 fructidor an X, le nomme sénateur le même jour et lui attribue la sénatorerie d'Aix :
"Le citoyen Fouché, ministre de la police dans des circonstances difficiles, a répondu par ses talents et par son activité, par son attachement au gouvernement, à tout ce que les circonstances exigeaient de lui. Placé dans le sein du Sénat, si d'autres circonstances redemandaient encore un ministre de la police, le gouvernement n'en trouverait point un qui fût plus digne de sa confiance." (Napoléon)
Rappelé le 21 messidor an XII, il réorganise son ministère et met au point un bulletin quotidien de liaison entre ses différents services le "Bulletin du ministère de la Police générale".
Le 25 prairial an XII, il est nommé Grand-officier de la Légion d'honneur, comte d'Empire le 24 avril 1808, et duc d'Otrante le 15 août 1809. Mais en juin 1810, nouvelle disgrâce : il est révoqué.
Ministre de la police une troisième fois durant les Cent-Jours, et une quatrième fois lors de la seconde restauration, la loi du 12 janvier 1816 sur les régicides le contraint à l'exil.
Il meurt à Trieste le 25 décembre 1820.
"C'est un esprit avisé, dénué de tout sens moral mais plus disposé au bien qu'au mal et aux bons services qu'aux mauvais."