Après l'article 53, insérer un article additionnel ainsi rédigé :

 I - Le III. de l'article L. 414-1 du code de l'environnement est ainsi rédigé :

« III. - Avant la notification à la Commission européenne de la proposition d'inscription d'une zone spéciale de conservation ou avant la décision de désigner une zone de protection spéciale, le projet de périmètre de la zone et les cahiers d'habitats exposant les mesures de préservation envisageables sont soumis à la consultation des organes délibérants des communes et des établissements publics de coopération intercommunale concernés. L'autorité administrative ne peut s'écarter des avis motivés rendus à l'issue de cette consultation que par une décision motivée. » 

II. - Le V du même article est ainsi rédigé :

«  V. - Les sites Natura 2000 font l'objet de mesures destinées à conserver ou à rétablir dans un état favorable à leur maintien à long terme les habitats naturels et les populations des espèces de faune et de flore sauvages qui ont justifié leur délimitation. Les sites Natura 2000 font également l'objet de mesures de prévention appropriées pour éviter la détérioration de ces mêmes habitats naturels et les perturbations de nature à affecter de façon significative ces mêmes espèces.

« Ces mesures tiennent compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales et locales. Elles sont adaptées aux menaces spécifiques qui pèsent sur ces habitats naturels et sur ces espèces. Elles ne conduisent pas à interdire les activités humaines dès lors qu'elles n'ont pas d'effets significatifs par rapport aux objectifs mentionnés à l'alinéa ci-dessus. Elles comprennent néanmoins des mesures d'indemnisation si des pertes d'exploitation résultent des mesures de préservation sus-mentionnées. Les activités piscicoles, la chasse et les autres activités cynégétiques pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur, ne constituent pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets.

« Les mesures sont prises dans le cadre des contrats prévus à l'article  L. 414-3 ou en application des dispositions législatives ou réglementaires, notamment de celles relatives aux parcs nationaux, aux réserves naturelles, aux biotopes ou aux sites classés. » 

III - L'article L. 414-3  du même code est ainsi rédigé :

« Art. L. 414-3 - Pour l'application du document d'objectifs, les titulaires de droits réels et personnels portant sur les terrains inclus dans le site peuvent conclure avec l'autorité administrative des contrats, dénommés « contrats Natura 2000. » Les contrats Natura 2000 conclus par les exploitants agricoles peuvent prendre la forme de contrats d'agriculture durable. » 

« Le contrat Natura 2000 comporte un ensemble d'engagements conformes aux orientations définies par le document d'objectifs, portant sur la conservation et, le cas échéant, le rétablissement des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la création du site Natura 2000. Il définit la nature et les modalités des concours et indemnisations de l'État, en distinguant notamment ce qui relève de la rémunération des prestations à fournir en contrepartie par le bénéficiaire, de ce qui correspond à la compensation des pertes d'exploitations reconnues. En cas d'inexécution des engagements souscrits, les aides de l'État font l'objet d'un remboursement selon des modalités fixées par décret.

« Les litiges relatifs à l'exécution de ce contrat sont portés devant la juridiction administrative. »

Le présent amendement apporte diverses modifications au code de l'environnement concernant l'application de la directive habitats :

- en premier lieu (par. II de l'art L. 414-1), elle élargit les sujets sur lesquels les collectivités locales concernées sont consultées lors de l'identification d'un site à proposer au titre du réseau Natura 2000 : au-delà du périmètre et des espèces et milieux en cause (comme ce doit être le cas actuellement), les collectivités devront également avoir connaissances des modalités de gestion recommandées au sujet de ces derniers

- en second lieu (par le V de l'art L. 414-1), est introduit le principe d'un droit à indemnisation, en cas de pertes d'exploitation avérées du fait de la mise en œuvre des règles de préservation établies par les documents d'objectifs, indépendamment de la rémunération de bonnes pratiques dans le cadre de contrats Natura 2000

- en troisième lieu (nouvelle rédaction de l'art L. 414-3) le principe d'indemnisation et de rémunération dissociées est également introduit dans les contrats Natura 2000

En d'autres termes, alors que le réseau Natura 2000 serait encore appelé à se renforcer avec la transmission à Bruxelles de nouvelles propositions de sites complémentaires à ceux déjà notifiés, cet amendement cherche à renforcer les garanties des gestionnaires des espaces concernés au regard de leur droit légitime à gérer librement leurs biens. C'est sur ce fondement que les collectivités acquièrent ainsi le droit d'être saisies des modalités de gestion probables (désormais connues par type d'habitats grâce aux cahiers d'habitats), et qu'un droit a l'indemnisation est isolé afin de parer à toute perte d'exploitation qui pourrait résulter des nouveaux modes de gestion établis par les documents d'objectifs.